实施先补后占，实现耕地占补平衡。在建设占用耕地时全部实行先补后占，即在农转用报批时落实具体补充耕地项目，没有落实补充耕地项目的一律不予上报审批。2013-2019年，全市累计完成年度建设用地占补平衡项目550个，在系统内挂钩面积5.7231万亩。
统一建库管理，加大开发复垦力度。各县、区根据年度目标任务组织开展开发、复垦新增耕地工作，严格按照项目管理模式，强化项目立项、可研、规划设计、施工和报备确认等阶段管理。年度经省自然资源厅备案确认的可用于占补平衡新增耕地指标，由市自然资源局统一纳入占补平衡新增耕地储备库，全市范围内统筹使用。2013-2019年，全市累计进库补充耕地5.3953万亩，拨付县区耕地开垦费2.0983亿元。
实行分类保障，严格落实占补平衡。对纳入年度农转用计划保障范围的项目由自然资源部门根据占补平衡新增耕地指标入库先后次序安排保障。原则上各县、区优先使用本县、区占补平衡新增耕地指标。当本县、区无法实现占补平衡时，可由自然资源部门跨县、区调剂予以保障。对非本市组织实施的项目，原则上由项目承担单位通过省级耕地占补平衡交易平台购买指标保障；确须市统一保障的，可参考同期省级耕地占补平衡交易平台价格标准缴纳调剂使用费。
规范指标调剂，推动节约集约利用。相继出台建设占用耕地占补平衡新增耕地指标有偿调剂使用的政策，通过提高占补平衡调剂指标价格，促进土地节约集约利用。本市内跨县、区调剂使用新增耕地占补平衡指标的，调入方除缴纳耕地开垦费外，需另行支付占补平衡指标调剂使用费。目前，蚌埠市已三次对占补平衡指标调剂使用费收费标准进行了调整。2016年4月—2019年7月累计直补三县占补平衡指标调剂费96367万元。
